W bezpośrednim otoczeniu projektowanej drogi S-3 (do 3 km) występują następujące obszary lub obiekty chronione na podstawie ustawy o ochronie przyrody:
- Obszar Chronionego Krajobrazu Nr 4 „Dolina Warty i Dolnej Noteci", położony wzdłuż drogi S3 od km 6+500 do km 19+300, w odległości minimalnej 1,4 km od drogi S3,
- Obszar Chronionego Krajobrazu Nr 8A „Dolina Obry", który droga nr S3 przetnie na odcinku od km 18+400 do 19+300 ,
- użytek ekologiczny „Przy drodze" w Lesie Międzyrzeckim, kolidujący z węzłem „Skwierzyna Południe",
- użytek ekologiczny "Duże Bagno" na bagnach wokół Jeziora Grążyk, wzdłuż którego będzie biegnąć droga nr S3 na odcinku od km 33+900 do km 35+200 (w odległości minimalnej 50 m między granicą pasa drogowego a granicą użytku),
- inne użytki ekologiczne położone w odległości do 3 km od drogi,
- tereny chronionych siedlisk przyrodniczych ,
- stanowiska chronionych gatunków roślin i zwierząt wraz z ich strefami ochronnymi.
W dalszym otoczeniu projektowanej drogi (ponad 3 km) występują następujące obszary chronione:
- Park Narodowy „Ujście Warty" wraz z otuliną (17 km od drogi),
- ptasi rezerwat przyrody "Zakole Santockie" (7,5 km od drogi),
- częściowo ścisły, ptasi rezerwat przyrody "Jezioro Janie" (14 km),
- Obszar Chronionego Krajobrazu Nr 13 „Rynna Paklicy i Ołoboku" (4,8 km),
- Obszar Chronionego Krajobrazu Nr 9 Pojezierze Lubniewsko-Sulęcińskie (11,2 km),
- Obszar Chronionego Krajobrazu Nr 8B „Dolina Jeziornej Strugi" (10 km),
- Obszar Chronionego Krajobrazu Nr 14 „Dolina Ilanki" w rejonie Trzemeszna Lubuskiego (15 km),
- Łagowski Park Krajobrazowy wraz z otuliną (15 km),
- Pszczeliński Park Krajobrazowy wraz z otuliną (5 km),
- użytki ekologiczne, zestawione w tabl. 1, a położone w odległościach 3-15 km od drogi.
Poza wyżej wymienionymi obszarami i obiektami chronionymi na podstawie ustawy o ochronie przyrody wzdłuż istniejącej drogi występują następujące obszary o wysokich walorach przyrodniczych, nie chronione przepisami prawnymi:
- wszystkie duże kompleksy leśne: Puszcza Bledzewska i Lasy Międzyrzeckie;
- duże kompleksy łąkowe: w Maszewie, Rakowie (pradolina Warty) i w Brzozowym Ługu nad Kanałem Białej Łąki;
- naturalne zbiorniki wodne (jeziora: Glinik, Żabno i Głębokie).
Przedsięwzięcie jest zlokalizowane poza obszarami sieci Natura 2000. Dystans pomiędzy lokalizacją inwestycji a najbliższymi obszarami tej sieci wynosi:
- 8 km w odniesieniu do Obszaru Specjalnej Ochrony Ptaków (OSOP) „Ujście Warty" (PLB080001),
- 3 km w odniesieniu do Specjalnego Obszaru Ochrony Siedlisk (SOOS) „Ujście Noteci" (PLH080006),
- 3 km w odniesieniu do Obszaru Specjalnej Ochrony Ptaków (OSOP) „Puszcza Notecka" (PLB300015),
- 3 km w odniesieniu do potencjalnego Specjalnego Obszaru Ochrony Siedlisk „Skwierzyna" (obszar proponowany do objęcia ochroną w ramach Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000, zatwierdzony przez Radę Ministrów i przekazany do KE celem zatwierdzenia),
- 5 km w odniesieniu do Specjalnego Obszaru Ochrony Siedlisk (SOOS) „Jeziora Pszczewskie i Dolina Obry" (PLH080002),
- 5 km w odniesieniu do Obszaru Specjalnej Ochrony Ptaków (OSOP) „Jeziora Pszczewskie i Dolina Obry" (PLB080005),
- 8 km w odniesieniu do Specjalnego Obszaru Ochrony Siedlisk (SOOS) „Nietoperek" (PLH080003),
- 8 km w odniesieniu do Specjalnego Obszaru Ochrony Siedlisk (SOOS) „Dolina Leniwej Obry" (PLH080001),
- 9,7 km w odniesieniu do Obszaru Specjalnej Ochrony Ptaków (OSOP) „Dolina Dolnej Noteci" (PLB080002),
- 4,8 km w odniesieniu do proponowanego Specjalnego Obszaru Ochrony Siedlisk „Murawy Gorzowskie" (obszar proponowany do objęcia ochroną w ramach Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000, zatwierdzony przez Radę Ministrów i przekazany do KE celem zatwierdzenia),
- 10,6 km w odniesieniu do proponowanego Specjalnego Obszaru Ochrony Siedlisk „Bory Chrobotkowe Puszczy Noteckiej" (obszar proponowany do objęcia ochroną w ramach Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000, zatwierdzony przez Radę Ministrów i przekazany do KE celem zatwierdzenia),
- 13,3 km w odniesieniu do proponowanego Specjalnego Obszaru Ochrony Siedlisk „Ostoja Barlinecka" (obszar proponowany do objęcia ochroną w ramach Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000, zatwierdzony przez Radę Ministrów i przekazany do KE celem zatwierdzenia).
