Najbliżej miejsca lokalizacji przedsięwzięcia znajdują się 3 obszary Natura 2000. Jeden z nich jest bezpośrednio naruszany przez będącą w realizacji zachodnią jezdnię obwodnicy, drugi znajduje się w odległości 120÷800 m w miejscu największego zbliżenia, natomiast 3 z nich jest oddalony o min. 7,4 km:
- Obszar Natura 2000 „Nietoperek” PLH080003 (konflikt w km 5+590÷6+240)
- Obszar Natura 2000 „Dolina Leniwej Obry” PLH 080001 (odl. min 120 m)
- Obszar Natura 2000 „Jeziora Pszczewskie i dolina Obry” ( w odległości min 7,4 km)
„Nietoperek”
Ad 1) Głównym przedmiotem ochrony w granicach tego obszaru są nietoperze, mające swoje siedlisko w podziemnych umocnieniach z okresu ostatniej wojny tzw. Międzyrzeckiego Rejonu Umocnień (MRU). Obszar obejmuje najważniejsze zimowisko nietoperzy w środkowej Europie i ich tereny żerowiskowe. Zimuje tu nawet 29500 osobników. Zagrożeniem dla tego obszaru jest przede wszystkim niepokojenie nietoperzy przez ludzi. Oprócz nietoperzy przedmiotem ochrony są płazy i żmija zygzakowata. Dodać należy, że odcięty obwodnicą fragment ostoi „Nietoperek”(12 ha, co stanowi 16% obszaru), jest jedynie niewielkim fragmentem obszaru ich żerowania, natomiast planowane przedsięwzięcie
w żaden sposób nie oddziałuje na miejsca ich zimowania i rozrodu.
Są one objęte ochroną w formie rezerwatów „Nietoperek” i „Nietoperek II”, a ich minimalna odległość od budowanej jezdni wynosi 1,1 km. Są one ponadto oddzielone od obwodnicy lasem. Chronione płazy gady znajdą doskonałe warunki migracji, z uwagi na projektowana dla odcinka drogi S-3 sąsiadującego z planowanym przedsięwzięciem, estakady o długości 700 m.
„Dolina Leniwej Obry”
Ad 2) Teren obejmuje rozległe obniżenie doliny Leniwej Obry między miejscowościami Babimost i Międzyrzecz, w północnej części przechodzące w dolinę Paklicy. Ma charakter rozległej, zatorfionej doliny wolno płynącej rzeki. Została ona zmeliorowana w XIX wieku, a następnie zagospodarowana rolniczo. Obecnie podlega spontanicznej renaturyzacji i stanowi mozaikę ekstensywnie użytkowanych, zarastających łąk, lasów (w wieku 20-100 lat) i zarośli łęgowych. W północnej części ostoizlokalizowane są eutroficzne, przepływowe jeziora. Sośniny zajmują dużą część terenu.
Ukształtowanie terenu jest bardzo zróżnicowane, charakterystyczne dla krajobrazu polodowcowego. Obszar odznacza się bardzo słabym zaludnieniem i niską antropopresją. Jego wartość przyrodnicza polega na istnieniu rozległych, szybko renaturyzujących się terenów podmokłych i lasów, z najcenniejszymi tutaj starodrzewiami liściastymi, z kilkuset drzewami o wymiarach pomnikowych. Znajdowało się tu ostatnie w Polsce stanowisko kaldesii dziewięciornikowatej, na którym była ona obserwowana do 1986 roku, w liczbie kilkunastu, niekwitnących osobników. W roku 2008 potwierdzono jej występowanie w trakcie inwentaryzacji jezior na terenie gminy Międzyrzecz. Występuje tu też ponad 20 gatunków roślin zagrożonych i chronionych w Polsce. Obszar ma również duże znaczenie dla ochrony ptaków. Zagrożeniem jest zmiana stosunków wodnych w wyniku odnowienia lub kontynuacji melioracji oraz zarzucenie użytkowania łąk.
Przedmiotem ochrony na tym obszarze są:
- Siedliska przyrodnicze: Zmiennowilgotne łąki trzęślicowe, Ziołorośla górskie i ziołorośla nadrzeczne, Niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie, Górskie i nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk, Grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny , Łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe, olsy źródliskowe.
- Ptaki: bąk, bocian biały, kania czarna, kania ruda, bielik, błotniak stawowy, derkacz, żuraw, zimorodek, dzięcioł czarny, dzięcioł średni, jarzębata, gąsiorek, ortolan, siniak, świerszczak.
- Ssaki: wydra.
- Płazy i gady: kumak nizinny.
- Rośliny: kaldezja dziewięciornikowata.
„Jeziora Pszczewskie i dolina Obry”
Ad 3) Obszar Natura 2000 „Jeziora Pszczewskie i dolina Obry” położony jest w odległości ponad 7 km na wsch. i płn-wsch. od przedsięwzięcia. Na tak dużą odległość oddziaływania przenosić się mogą drogą powietrzną lub wodną. Obydwie możliwości nie znajdują zastosowania w analizowanym przypadku.
