Węzły „Międzyrzecz Północ” i „Międzyrzecz Południe”
Od strony północnej oraz południowej znajdują się bezkolizyjne węzły typu „trąbka”, wybudowane w pierwszym etapie inwestycji, których łącznice w czasie projektowania pierwszego etapu budowy obwodnicy zaprojektowano w ten sposób by umożliwić wybudowanie drugiej jezdni drogi ekspresowej bez konieczności przebudowy całego obiektu. Wbudowanie prawej jezdni obwodnicy wymusi jedynie przebudowę dwóch łącznic na każdym z węzłów, polegającą na zmianie promieni łuków poziomych, które pozwolą na dogodne podpięcie tych łącznic do nowej jezdni.
Węzeł „Międzyrzecz Zachód”
Węzeł zostanie wybudowany w miejscu przecięcia obwodnicy z drogą wojewódzka nr 137 biegnącą do Sulęcina. Obecnie obwodnica przechodzi wiaduktem drogowym nad drogą wojewódzką i nie ma w tym miejscu połączenia. Z uwagi na planowany rozwój terenów przemysłowych, rozbudowę osiedli mieszkaniowych i sieci punktów usługowych w tym rejonie; umożliwienie relacji pomiędzy tymi drogami w znaczny sposób odciąży centrum miasta Międzyrzecz. Dodatkowym czynnikiem przemawiającym za budową węzła jest duże obciążenie drogi wojewódzkiej nr 137 oraz dróg miejskich w czasie, gdy zachodzi konieczność skierowania nimi ruchu objazdowego (np. w momencie wypadku na drodze krajowej).
Zarówno wjazdy (z pasami włączenia) jak i wyjazdy (z pasami wyłączenia) z drogi ekspresowej S-3 usytuowano po północnej stronie drogi wojewódzkiej. Pojazdy prowadzone będą jednokierunkowymi, jednopasowymi łącznicami typu P1, na których połączeniu z drogą wojewódzką nr 137 zaplanowano ronda usytuowane po obu stronach drogi ekspresowej. Dodatkowo w ciągu projektowanej prawej jezdni drogi ekspresowej należy wybudować wiadukt drogowy równoległy do istniejącego, na którym poza dwoma pasami ruchu, będzie się znajdował dodatkowo pas włączenia z łącznicy w kierunku Zielonej Góry.