- w km 1+750 - 2+300, w rejonie jeziora Nietoperek, planowana droga S3 przecina obrzeże obszaru sieci Natura 2000 „Dolina Leniwej Obry" (PLH 080001)
- od km 1+700 do km 4+100 oraz od km 8+500 do km 11+200 droga S3 przebiega przez obszar chronionego krajobrazu: „13 - Rynna Paklicy i Ołoboku".
- w początkowym fragmencie, km 0+550 - km 2+800 (do miejscowości Gościkowo), trasa drogi S3 usytuowana jest w bliskim sąsiedztwie obszaru Natura 2000 „Nietoperek" (PLH 080003), biegnąc dalej w odległości od kilkudziesięciu metrów do około 1 km od wschodniej granicy obszaru chronionego.
Inne tereny chronione znajdujące się w szerzej rozpatrywanej okolicy:
- rezerwat „Nietoperek I i II" - miejsce masowego zimowania nietoperzy
- siedliskowy obszar Natura 2000 „Sulechów" (zgłoszony do KE)
- użytek ekologiczny „Nietoperek"
- użytek ekologiczny „Pastwiska"
- rezerwaty „Dębowy Ostrów", rezerwat „Radowice", rezerwat „Czarna Woda",
- Obszar Chronionego Krajobrazu obejmujący dolinę Odry i Obrzycy - znajduje się poza bezpośrednim oddziaływaniem planowanej drogi ekspresowej S3.
